IMST ist ein flexibles Unterstützungssystem. Ziel ist es, eine Innovationskultur zur Stärkung des MINDT-Unterrichts (Mathematik, Informatik, Naturwissenschaften, Deutsch, Technik) an österreichischen Schulen zu etablieren und strukturell zu verankern.
Die Förderstruktur von IMST ist in ein Netzwerkprogramm und mehrere Themenprogramme gegliedert.
Im Netzwerkprogramm unterstützt IMST auf Basis von Ziel- und Entwicklungsvereinbarungen „Regionale Netzwerke". Diese haben ihrerseits wiederum im Rahmen von Regionalentwicklungskonzepten die Möglichkeit, „Bezirksnetzwerke", „Regionale Fachdidaktikzentren", „Fachgruppen an Schulen", „Netzwerke zwischen Schulen" oder andere regionale bzw. lokale Initiativen zu fördern. Die Netzwerke stärken im Rahmen ihrer Aktivitäten Erfahrungsaustausch, Wissenstransfer und inhaltliche sowie strukturelle Weiterentwicklung im Bildungsbereich und verbreiten Erkenntnisse und Erfahrungen auf regionaler Ebene.
In den Themenprogrammen können Lehrerinnen und Lehrer innovative Unterrichts- und Schulprojekte einreichen und werden über ein Schuljahr hinweg von Programmteams (bestehend aus WissenschaftlerInnen an Pädagogischen Hochschulen und Universitäten sowie SchulpraktikerInnen) begleitet. Die Themenprogramme widmen sich aktuellen bildungspraktisch, -wissenschaftlich und -politisch relevanten Herausforderungen und wurden (in einem Ausschreibungsverfahren im Herbst 2009) von den ProgrammträgerInnen eingebracht. Die Themen sind sowohl pädagogischer als auch fachdidaktischer Natur, eine Verknüpfung der beiden Ebenen erfolgt in jedem Programm. Die Zusammenarbeit von WissenschaftlerInnen und Lehrkräften begünstigt die Verschränkung von Schulpraxis und LehrerInnenbildungsinstitutionen.
Zentrale Prinzipien im Projekt sind die Förderung von Chancengerechtigkeit unter besonderer Berücksichtigung von Geschlechteraspekten (unter anderem durch das IMST Gender Netzwerk) und die Implementierung von Evaluation auf allen Ebenen. Die in IMST gewonnenen Erfahrungen und Erkenntnisse werden durch den IMST-Newsletter, das IMST-Wiki und die IMST-Tagung verbreitet.